DNA结合转录因子，在广泛的细胞和发育过程中发挥作用，如眼睛、骨骼、心血管、肾脏和皮肤发育。作为转录激活子或抑制子。与靶基因启动子的5'-[G/C][A/T]AAA[T/C]AA[A/C]-3'共有结合位点结合。DNA结合后，促进DNA弯曲。作为转录辅激活子。刺激由转录因子GLI2介导的印度刺猬（Ihh）诱导的靶基因表达，从而调节软骨内骨化。通过增加乳腺癌细胞中GLI2的DNA结合能力，也作为转录协同调节因子。通过与启动子区域中的保守元件5'-GTAAAAAAA-3'结合来调节FOXO1，暗示FOXC1是细胞活力和抵抗眼部氧化应激的重要调节因子。与转录因子FOXC2协同调节维持足细胞完整性的基因表达。通过TGFB1介导的信号使细胞周期停止在G1期，从而促进细胞生长抑制。通过促进细胞增殖、迁移和侵袭参与上皮间充质转化（EMT）的诱导。通过控制CXCR4的表达，参与趋化因子CXCL12诱导的内皮细胞迁移。在表皮角质形成细胞终末分化所必需的基因调控网络中发挥作用。中胚层来源组织，如体节、皮肤、骨和软骨所必需的发育转录因子。积极调节骨髓间充质祖细胞中CXCL12和干细胞因子的表达，从而在造血干细胞和祖细胞（HSPC）间充质生态位的发育和维持中发挥作用。通过阻止血管和淋巴管在胚胎发育过程中以VEGF依赖的方式生长，在角膜透明性中发挥作用。通过控制CXCR4的表达，参与趋化因子CXCL12诱导的内皮细胞迁移。可能起到肿瘤抑制作用。