RNA 聚合酶 II (RNAPII) 是一个大型多蛋白复合体，可作为 DNA 依赖的 RNA 聚合酶，能够以四种核糖核苷三磷酸盐作为底物来催化 DNA 转录为 RNA (1)。最大亚基 RNAPII 亚基 B1 (Rpb1) 又称 RNAPII 亚基 A (POLR2A)，包含一个唯一的七肽序列 (Tyr1, Ser2, Pro3, Thr4, Ser5, Pro6, Ser7)，在蛋白的羧基末端结构域 (CTD) 中可重复多达 52 次 (1)。这个 CTD 七肽重复序列会发生多次翻译后修饰，这可决定聚合酶复合体的功能状态。在活跃转录周期中，CTD 磷酸化可通过调节染色质修饰酶和 RNA 加工蛋白募集到转录基因的过程，从而整合染色质重构和新生 RNA 加工转录 (1)。在转录起始过程中，RNAPII 有一个低磷酸化 CTD，并通过与 DNA 结合转录因子以及调节物复合体相互作用而被募集到基因启动子 (1)。RNAPII 从基因启动子上脱离需要 CDK7 磷酸化 Ser5，CDK7 是转录因子 IIH (TFIIH) 的催化亚基 (2)。除了组蛋白 H3 Lys4 甲基转移酶，Ser5 磷酸化还会介导 RNA 加帽酶的募集，从而调节转录起始和染色质结构 (3,4)。从启动子上脱离后，RNAPII 继续将基因下移到固有终止位点，从而被负向延伸因子 NELF 和 DSIF 阻滞 (5)。此时，RNAPII 不稳定并且会频繁中止转录并与基因分离。有效的转录延伸需要 CDK9 磷酸化Ser2位点，CDK9 是正向转录延伸因子 P-TEFb 的催化亚基 (6)。Ser2 磷酸化会产生一种稳定的转录延伸复合体，并促进 RNA 剪切和多聚腺苷酸化因子的募集，另外还包括可促进延伸因子相容性染色质的组蛋白 H3 Lys36 甲基转移酶的募集 (7,8)。Ser2/Ser5 磷酸化的 RNAPII 随后将全长基因转录到终止转录的 3' 端。RNAPII 从 DNA 上分离，并通过各种 CTD 磷酸酶再循环为去磷酸化形式 (1)。
除 Ser2/Ser5 磷酸化外，CTD 七肽重复序列的 Ser7 在活跃转录周期中也被磷酸化。Ser7 磷酸化是小核 (sn) RNA 基因的有效转录所必需的 (9,10)。未剪切或未被多聚腺苷酸化的 snRNA 基因在结构上与蛋白编码基因不同。与蛋白编码 RNA 中的多聚腺苷酸信号不同的是，snRNA 有一个保守的 3' 盒 RNA 加工元件，该元件能够被整合因子 snRNA 3' 端加工复合体识别 (11,12)。在转录的早期阶段，CDK7 磷酸化 Ser7 可促进 RPAP2 的募集，RPAP2 会去磷酸化 Ser5，产生可促进整合因子复合体的募集及新生 snRNA 转录物有效加工的双 Ser2/Ser7 磷酸化标记 (13-15)。
Rpb1 CTD 七肽重复序列在 Thr4 位点的磷酸化在酵母、哺乳动物等细胞中都高度保守。但使用 Thr4 磷酸化突变体 Rpb1 蛋白的研究表明，这种修饰在不同物种中的作用不同。但酵母中的Thr4 磷酸化并非必不可少 (16,17)，鸡和哺乳动物系统中的 Thr4 突变体会导致出现 RNA 加工错误和整体 RNA 延伸缺陷 (18,19)。polo 激酶 3 (PLK3) 直接磷酸化苏氨酸 4，并且周期素依赖性激酶-9 (CDK9) 的活性被认为会直接或间接导致这个位点的磷酸化 (18,19)。