RAG复合物的核心成分，是一种多蛋白复合物，在V（D）J重组过程中介导DNA切割阶段。V（D）J重组通过重组不同的V（变量），在某些情况下D（多样性）和J（连接）基因片段，在发育中的B淋巴细胞和T淋巴细胞中组装了多种免疫球蛋白和T细胞受体基因。RAG复合物对DNA的切割分两步进行：在七聚体上游的顶部链中引入第一个缺口，产生一个3'-羟基，可在直接酯交换反应中攻击对侧链上的磷酸二酯键，从而产生4个DNA末端：2个发夹编码末端和2个钝头，5'-磷酸化末端。染色质结构在V（D）J重组反应中起着重要作用，组蛋白H3在Lys-4（H3K4me3）上的三甲基化刺激了刻痕和海pinning步骤。