SS18-SSX 融合蛋白是框内融合的产物，框内融合将染色体 18 上的 SS18 基因与 X 染色体基因 SSX1、SSX2 以及（较低程度）SSX4 基因融合在一起 (1)。人滑膜肉瘤 (SS) 占所有软组织恶性肿瘤的 8-10%，其中 95% 的恶性肿瘤出现染色体 18 上 SS18 基因的反复易位 (1)。SS18 蛋白质的氨基末端 SNH 结构域 (SYT 氨基末端同源结构域) 与 SWI/SNF 染色质重构复合体通过 BRM 和 BRG1 亚基的氨基末端区域进行相互作用 (2)。关于 SS 中 SS18-SSX 融合的研究表明，内源性 SS18 与突变 SS18-SSX 融合物在 SWI/SNF 复合体中竞争占位，导致 SNF5 (BAF47) 亚基移位。SNF5 亚基移位改变了 SWI/SNF 复合体的功能，导致 SS 中 Sox2 等基因的表达失调 (1)。

虽然 SSX 蛋白家族在 SS 中的特征明显，但除这种情况外，所知甚少。SSX 家族的保守氨基末端包含一个 KRAB 结构域，它似乎是一种转录阻遏蛋白 (3)。