自噬是自噬溶酶体降解大部分细胞质内容物的一种分解代谢过程。已在酵母中大量发现自噬的调控，这一过程包含一些由一组自噬相关基因 (Atg) 编码的蛋白 (1)。自噬小泡的形成需要一对必要的泛素样偶联体系，即 Atg12-Atg5 和 Atg8 (LC3) 磷脂酰乙醇胺 (LC3-PE)，它们在真核细胞中较为保守 (2)。
哺乳动物 Atg16L1 包含一个氨基末端卷曲螺旋结构域和多个羧基末端 WD 重复序列，它具有多种通过选择性剪切产生的同工型 (3,4)。Atg16L1 为这两种关键的自噬泛素样偶联体系之间提供一个功能连接。Atg16L1 结合 Atg12-Atg5 连接物的 Atg5，形成一种 800 kDa多聚复合体 (3)。Atg12-Atg-5-Atg16L1 复合体位于前自噬体膜，可在其中确定 LC3 脂化的位点并催化成熟自噬体形成所需的反应 (3,5)。全基因组关联扫描表明，与克罗恩病有关的 Atg16L1 基因出现变异 (6,7)。缺乏 Atg16L1 卷曲螺旋结构域的小鼠会出现自噬体形成受损，并且炎性细胞因子增加，这与其在炎性疾病发病机理中的作用是一致的 (8)。亚等位基因 Atg16L1 小鼠还表现出自噬缺陷以及类似于在克罗恩病中发现的肠道潘氏细胞功能异常 (9)。
ULK1 介导的 Atg16L1 在 Ser278 处的磷酸化促进异种吞噬，这是一种针对病原体的选择性自噬过程（10）。